Au large des côtes d'Okinawa, des chercheurs japonais ont construit une cité sur et sous la mer, Ocean Technopolis, afin de permettre à l'archipel de survivre à la montée du niveau des océans. Mais alors que la cité s'apprête à recevoir des milliers de personnes, elle est soudainement ravagée par une terrible force inconnue ! Ce serait l'oeuvre d'un monstre marin, que poursuit justement un sous-marin japonais. Un jeune scientifique va alors se retrouver embarqué dans une chasse au monstre, tout en voulant sauver sa fille et sa femme coincées au fond de l'eau....