Karl et David Scott accompagnent leur père, pilote amateur, pour un voyage en avion. Mais une tempête se déchaîne et l'appareil s'abîme en mer. Les garçons ne peuvent sauver leur père mais parviennent à nager jusqu'au rivage. Ils découvrent alors une civilisation créée conjointement par des humains et des dinosaures intelligents : le continent de Dinotopia..