Les grands paresseux Scooby-Doo et Sammy doivent mettre le "chi" dans "munchie" pour éclaircir le grand mystère des arts martiaux ! L'équipe de Mystère & Cie parcourt le monde, traverse les continents à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre toute une série d'énigmes ancestrales. Ils doivent aller vite, plus vite que le dangereux Samouraï Noir entouré de ses soldats fantômes pour trouver le Sabre du Destin, une épée magique qui apporte d'incroyables pouvoirs. Au cours de leur périple, Scooby-Doo et Sammy sont embrigadés par un maître d'armes qui leur apprend le Bushido, le code des principes moraux des Samouraïs. Leur enseignement est vite mis à l'épreuve face à une armée de Robots Ninjas incontrôlable. Puis finalement, nos héros découvrent que le Bushido n'est pas seulement un moyen de gagner le respect, l'honneur et le courage, mais qu'il détient aussi la clé du mystère….