Cet épisode se déroule avant que Mewtwo ne rencontre Sacha et ses amis dans Genesect et l'éveil de la légende. L'incroyable vitesse et la capacité de combat de Méga-Mewtwo Y sont pour la première fois révélées, mais pas son nom réel. Possédant une incroyable puissance, il souhaite ne pas croiser les chemins des humains et des Pokémon..