En 2059, cinq décennies après le conflit de la première guerre de l'espace, la 25e flotte de colonisation à très longue distance, voyage à travers la galaxie vers un nouveau paradis qu'elle appelle sa maison. Cependant, elle est en guerre avec un étrange ennemi appelé Vajra. Ozma Lee, le chef du S.M.S. Skull Team qui combat le Vajra en première ligne, rencontre un jour une forme de vie mystérieuse, différente même du Vajra. Cette mystérieuse forme de vie laisse une vidéo d'archive de la flotte de colonisation Macross 7 avec Ozma, Ranka et Sheryl..