Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian et Suneo se sont lancés dans une aventure dans la mer des Caraïbes. Nobita est le capitaine d'un navire et combat ses ennemis à bord. Shizuka est kidnappée et une tempête entrave leur voyage. Mini-Dora aide Nobita et ses amis dans leur voyage. Lorsque les aventuriers trouvent enfin la mystérieuse île au trésor, ils découvrent que c'est plus qu'une simple île ordinaire..