Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles....